提到扬州之事，此次史可法奉旨出面调停高杰，为朱由崧武力削藩赢得了时机，也算功不可没，朱由崧宣布从当日恢复其官俸，撤销原来罚俸两年的决定，但仍为兵部侍郎，兵部尚书一职仍由内阁首辅高弘图兼任。
史可法觉得皇上真是一位功必赏，过必惩的明君，屈膝拜伏，感激谢恩。
然后朱由崧又重点提拔了几个地方武官，第一个就是扬州的兵备道刘肇基，破格擢升其御营统领，这次亲征，他深感御营力量的薄弱，偌大的帝王圣驾，火器营的缺失像笑话一般，很多时候还是依靠锦衣卫护驾，在京师皇上的安全当然由锦衣卫负责，但御驾亲征离开京师时，就得指望御营了。
因此回京后他对御营进行了扩充精编，调离羸弱，新增了火器营，配备铳炮等轻重火器。然后传旨从京营兵、黄得功部层层选拔精壮将士充入御营，扩充后的御营将达到五千人的规模，现在御营缺一个总兵官。
朱由崧就当庭宣布这一职务由刘肇基担任，这次高杰泛兵扬州，功劳最大的当然是刘肇基，能以几千城管之兵对抗高杰的五万雄师，使高杰强行进驻扬州的阴谋化为泡影，保护扬州数万民众免受军阀的掠扰，很好的配合了朱由崧的仪真伏击战，这功劳应该名垂史册。
朱由崧还查了刘肇基的阅历，发现此人也是历史名将，祖籍辽东，出身将门，祖辈世袭指挥佥事。在抗压民变的过程中升任辽东副总兵、总兵官。曾是蓟辽总督洪承畴的部下，负责训练宁远诸营士兵。清鞑子进犯锦州，刘肇基奉命抗清，历史上，弘光政权建立后，刘肇基出任左军都督，史可法督师扬州，刘随军出征，清军破扬州，刘肇基力战殉国。
可见这是一员治军干练的忠贞之将，将御营交由此人训练统管正合适。
然后朱由崧又破格提拔了江阴的三位典史，唯任阎应元为京营提督，陈明遇为京营兵佥事，冯厚敦为京营兵主薄。
此语既出，百官大哗，因这三人与刘肇基不同，人家刘肇基出身将门，阅历与战绩俱在，被朱由崧提升为御营统领百官服气，但这三位皆为县城小吏，相当于现代的公安局科级或副科级，一下子提居京营兵的要职，就认出朱由崧做得有些出格了。
顿时内阁首辅高弘图，户部尚书吕大器，太师姜日广，太子太师黄道周，太子太傅刘宗周，左都御使左懋第，右都御使黄端伯，户部右侍郎瞿式耜，礼部左侍郎吴伟业，等等纷纷站出来反对。这些大臣为国贤、为人正、什么不向恶势力低头、敢对不公正说不、敢于犯颜直谏等本性此时就表现出来了。
当然反对最激烈的当属礼部尚书钱谦益，这位东林魁首出班跪奏，说这三人位卑人轻，又没什么功名，如此擢升既难以服众，也不合法度，有损国本，望陛下收回成命，云云。
朱由崧对上面那几位尚能容忍，因为他当初借内阁诸臣集体请辞之际，等于把六部高官重新洗牌，唯以重任的这几个人，从三公三孤，到内阁首辅，再到六部高官，无论人品和资历大都是后世评价比较高的，不是儒学大师就是史学大家，要么就是诗人、贤相或廉官等等，因此朱由崧在一定程度上允许他们触龙鳞，因为朱由崧知道这些人起码都是忠于大明的。
独一人例外，那就是东林魁首钱谦益，论学识之渊博，钱公无疑是位学冠古今的饱学之士，大诗人，要不然人人竞逐正值妙龄的大才女柳如是也不会甘愿嫁给一个年近花甲的老糟头子。当时的钱谦益赋闲在家，无职无权，柳如是看中的正是钱公的才学，后来钱谦益官至礼部尚书。
朱由崧也是爱才之人，对这位文坛领袖也很敬重，但敬重的只是他的才学而已，对他的人品嗤之以鼻，朱由崧用人的标准首推德，其次才是才，钱谦益要是上疏请辞，朱由崧无疑会欣然接受的，但是这位钱公没有这样的魄朱力，他吴伟业等人不同，钱谦益太在乎功名了，对头上的乌纱看得甚至重于自己的生命，以至于后来成了人所不耻的贰臣，正因为这些朱由崧才有点瞧不起他。钱谦益当然不知道根源，他还想进步，怨声载道，殊不知朱由崧不贬了他就已经不错了。
现在他也想逆龙鳞，朱由崧心里当然不痛快了，暗连朕的面子也不给，那朕身为堂堂的一国之君，何须给你留面子？朕连破格提拔几个人都不行了，竟然拿法度和国本来压朕，难道非要让朕说出江阴三公几个月后的壮举吗？朕不好开口，即便说出去，尔等也不会信，这些勋臣阁僚言官御使，有时也挺讨厌，大都与东林党有瓜葛，难道老毛病又犯了？既然如此，朕不妨就借训教钱谦益之机拍你们几句。
想到这里，朱由崧就当廷训斥起钱谦益来，“牧斋言之差矣，照你这么说，人非功名不能唯任，非资历不能负重，非亲戚和裙带不能入仕了？江阴三公，虽然官小职微，但朕考察过，三公个个胸怀锦绣，腹有良谋，更重要的是三公对我大明忠心耿耿，夙夜在公，平盗抓贼，打击私盐，政绩斐然，江阴民众方能安居乐业，朕重用这样德才兼备之人有何不可？朕之用人唯才是举，然德居其首，然后乃推才，那些朝秦暮楚尸位素餐之辈，那些欺世盗名、以自我为中心的小团体利益者，纵有经地纬地之才，在朕看来如粪土尔，因为这些人在国难当头时，在威逼利诱面前，有可能会成为可耻汉奸、叛徒、卖
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